持续发展阶段
方正处于稳步发展的阶段，一方面向海外拓展市场，另一方面，通过产业整合，依托北大， 发挥自主创新优势，使方正集团在市场经济的国际大舞台上稳步发展。
1994年初，方正高档彩色电子出版系统宣告推出。
1995年是方正集团处在关键转折时期并取得辉煌成绩的一年。这时方正集团的发展已届九载，业务经营已初具规模，如何再次全面拓展经营领域，实现高效益、快增长的二次创业，已成为全体方正人所面临的一个重大课题。为此，在北京大学的领导下，方正集团顺利、圆满地实现了新旧领导体制的过渡。与此同时，经国务院证券委批准，方正集团成功地实施了对企业的股份制改造。
1995年12月21日，方正（香港）有限公司正式在香港上市。股份制改造的完成，是方正集团发展史上又一重要的里程碑，标志着方正集团的发展迈上了新的台阶，为方正集团的真正意义上的二次创业提供了有力的支持与坚实的基础。
1997年，方正集团获选进入国家120家大型试点企业集团之一，国家首批6家技术创新试点企业之一，国家重点支持的5家PC生产厂家之一。
1998年，以方正集团为代表的北大入主延中，成功实现了由“延中实业”向“方正科技”的转变。
人事“地震”
北大方正也许是国内企业人事变动最频繁的地方，人们就会很奇怪，为什么这个业绩良好的具有“北大精神”的著名校办企业总是处于“地震带”。
方正作为一个企业，起源于激光照排系统，原先是王选教授领导的一个863项目。这个项目的产业化催生了北大方正，由于项目所拥有的技术带来了革命性变化，方正获得了巨大的市场空间，一度“爆炸性”增长。高速增长掩盖了管理粗放。1997年，激光照排市场的发展开始稳定下来，方正的增长够到了天花板。管理的疏松和错误的多元化战略把方正拖进了亏损的泥潭。
方正的第一次危机，也是迄今为止最重要的一次危机出现在1998年、1999年前后，令人记忆深刻的有1998年方正业绩大幅下跌导致的广泛批评、逼宫事件、方正人事地震以及后来的方正科技股权风波。
1998年方正香港上市公司方正控股的年报显示亏损为1.68亿港元。北大被惊动了。
1999年北大方正出人意料地走了下坡路，利税总额从1998年的3.3亿元人民币下降到2.4亿元。
1999年4月原中国惠普公司主管销售的副总裁李汉生任方正电子有限公司的总裁。
1999年，方正内部斗争以一场“逼宫事件”而全面公开化。王选与董事长张玉峰双双离开董事会，张保留了上海方正延中科技实业公司董事长，王则保留了香港方正董事会主席的职务。北大党委副书记兼副校长闵维方任方正集团董事长，北大校产办副主任魏新、方正研究院院长肖建国任副董事长。
2000年，魏新出任方正集团副董事长。
2001年裕兴举牌方正事件发生。2001年5月30日，北大方正集团在北京召开新闻发布会，宣布了解除祝剑秋集团副总裁的职务的决定。方正集团总裁张兆东放权，魏新任方正科技董事长。2001年11月，在高清举牌风波不久，原方正集团董事长闵维方不再任职，由魏新接替。
2001年7月26日，时西忠出任方正电脑公司总经理。就任时，时西忠向媒体表示，“随着方正集团以祝剑秋出局为标志的人事纷争的结束和其现代企业制度的逐步建立，方正电脑的管理团队到了相对稳定的时期”。同时还表示有信心在三年后赶上联想。
然而，2002年1月以后，时西忠就未再代表方正电脑出过面，公开场合都是周险峰出面。不久，时西忠正式宣布从方正电脑离任，其中原因秘而不宣。时成为北大方正集团1998年控股延中科技以来，方正电脑第五位下课的总经理，和他的前任一样，下课的原因都不是因为经营管理不善或者对上市公司造成损失。
这一切的发生有其偶然性，但也与北大方正业务扩张以及产业变革等因素休戚相关。这些事件共同的负面目标是，试图动摇北大方正的出身和从属关系，以至于当时的方正集团不得不严厉地告诫下属公司：绝对不允许游离于北大方正之外，搞独立王国。
在若干场争夺主导权、控制权的斗争中，北大方正轻而易举地成为胜利者，这一方面得益于其雄厚的实力、深厚的文化底蕴，另一方面得益于其群众基础以及高度的企业凝聚力。这些力量经常在北大方正最危急的时刻发挥重要的作用。
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