虽然数字出版业发展势头持续强劲，但作为一个新兴产业，数字出版发展并非一路坦途。传统出版数字化步伐较慢、数字出版人才匮乏、数字版权意识淡薄等困扰数字出版多年的瓶颈依旧存在，而伴随新变化、新发展，也不断有新问题出现。
从企业角度来看。绝大多数数字出版企业集中在建立数字出版小平台和既有内容数字化两个方面，传统出版数字化转型遭遇到数字产品形态单一，生产与市场需要之间差距较大，数字出版收入在出版单位总收入中所占比例不高、投入与产出较低等问题。
从产业角度来看。企业在核心技术研发创新能力上严重不足，数字硬件产品同质化现象严重，在生产环节上，又陷入代工、仿制、拼成本的落后模式；而少数已处于领先地位的数字出版技术，又存在着商业化应用开发严重不足的现象。如何进行技术创新，并赋予尖端技术广泛的商用价值，成为业界需要认真研究的新课题。
从发展环境来看。近年来随着谷歌、微软、雅虎等国外大型IT公司相继介入数字出版领域，苹果、亚马逊等数字出版巨头向产业链上下游扩张，培生、企鹅、爱思唯尔等跨国出版集团，数字化转型成效斐然，对中国市场“虎视眈眈”，国内数字出版企业面临极大的压力。面对来势汹汹的境外大军，我国数字出版企业能否应对、如何应对成为迫在眉睫的一大挑战。
从管理角度来看。现有的相关法律法规和监管手段已显示出其疏漏与不足；在传统出版单位内部，虽然建立了数字出版生产部门，但却依然延用旧模式来管理新业态，管理体制机制陈旧；在学术界，依然沿用旧的传播学范式来研究数字出版新课题。
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